یکی از مشکلاتی که در مبحث شیرین سازی آب دریا با آن مواجه هستیم بالابودن میزان نمک های محلول و همچنین آلودگیهای میکروبی و بیولوژیکی موجود در آب دریا می باشد که باعث می گردد برخی فناوری ها در این عرصه کارایی نداشته باشند. همچنین هزینه های شیرین سازی آب دریا بر حسب نوع فناوری و منطقه مورد بررسی متغیر می باشد که باعث می گردد انتخاب نوع فناوری امری پیچیده گردد.